新疆医科大学前身为新疆医学院和新疆中医学院。
历史回眸（1950-1966）
1950年，时任新疆省人民政府副主席赛福鼎·艾则孜同志随同毛泽东主席访问前苏联，在他的积极提议下，毛主席批准在新疆建立医学高等学府。后来经过周恩来总理的亲自筹划，建设新疆医学院被纳入“一·五”计划，成为前苏联援建我国的156个重点项目之一。
1954年7月，新疆医学院破土动工。自此，卫生部就从陆续自上海、沈阳、山东等地区选调了大批优秀的教师来到新疆医学院，支援边疆医药卫生教育事业的创建工作。
1956年7月，新疆医学院建成招生，初期建立了14个基础医学教研室，10个临床医学教研室。
1956年10月，开学典礼隆重举行，新疆医学教育事业方兴未艾。同期学院第一附属医院建成开院，附属护士学校建成招生。
1962年，新疆医学院医疗系第一期、第二期共189名学生相继毕业，走上工作岗位，结束了新疆没有自己培养的各民族高级医药卫生人才的时代。在新疆医学教育事业，医疗卫生事业发展的历史上，具有划时代的重大意义。
文革时期（1966-1976）
1966年十年文革开始，在严峻的形势和困难的环境中，广大师生员工忠于职守、不畏艰险、任劳任怨、埋头苦干。
1972年，学院开始招收首批工农兵学员，并为西藏阿里地区培养了藏族专业医务人员。同期，学院先后派出多批医疗队，分赴天山南北，开展疾病普查和防治工作。
1976年3月，第一附属医院，神经外科专家臧人和组成的手术小组，成功地实施了右侧颅内-颅外动脉吻合术，解决了脑中风防治医学的难题，填补了我国此项医学科学的空白。
重现生机（1976-1986）
1976年10月，“四人帮”的覆灭宣告了十年动乱的终结，全院各族师生员工集会游行，由衷地欢庆这个伟大时刻的到来。
1977年，文革后通过高考录取的第一批临床医疗本科生及卫生系、药学系、基础医学师资班等均获准招收新生，硕士生的招生培养工作也同时启动，学院的各项工作都展现出了蓬勃向上的生机。
1986年，学院举办了庆祝成立30周年的系列活动，自治区的各位党政领导亲临庆祝大会现场。
改革开放（1986-1998）
1986年，经国务院学位委员会批准，被授予西北地区首批博士学位授权学校，即自治区第一个博士学位点授权点（心血管内科博士点）。
1989年12月，第三附属医院（即自治区肿瘤医院）落成开院，学院的医疗和临床教学工作得到了充实和加强。此外，附属肿瘤医院成功地实施了自治区首例无血切肝术，一附院泌尿外科完成了自治区首例异体肾移植手术，充分展现出学院临床医疗的先进水平。
1990年，学院首次招收3名留学生，标志着我院国际教育教学水平的进一步提升。新疆中医学院发展变迁（1961-1998）
1946年，在新疆“三区”革命时期建立伊犁医士学校。
1954年，原伊犁医士学校更名为新疆乌鲁木齐卫生学校。
1961年4月，经自治区党委文教部批准，将乌鲁木齐市卫生学校改制成立新疆维吾尔自治区中医学校，设有中医、中药、药剂三个专业。1978年开始招收大专生和本科生。
1985年、1986年先后经国家教委和自治区人民政府批准，在原中医学校、自治区中医医院和自治区中医研究所的基础上成立新疆中医学院，1989年4月经自治区编委确定为正厅级单位。当时，学院设有中医、中药、针灸三个本科专业和中医、中西医结合、中医骨伤等本科专业方向，并开设中医学、中医高护等专科专业。
1994年新疆中医学院挂靠上海中医药大学与上海中医药大学联合首次招收中医内科、中西医结合内科、针灸和医古文等专业的硕士研究生。
1998年，成立新疆医科大学后，中医学院成为学校下属的副厅级建制的教学单位。
跨越世纪（1998-至今）
1998年6月，经国家教育部和自治区党委、政府批准，新疆中医学院与新疆医学院合并成立新疆医科大学。中共中央总书记、国家主席江泽民亲自为大学题写了校名，这是学院发展史上的一个重要转折，也是新疆中西医药文化交融的结晶，更是新疆医药卫生教育事业上的不朽丰碑
